Les pollutions chimiques émanant des zones urbaines et agricoles affectent de manière chronique les écosystèmes par le biais de métaux lourds, dioxines ou résidus de molécules médicamenteuses et phytopharmaceutiques. Ces agents délétères s’accumulent dans les écosystèmes et, par diffusion passive, intoxiquent les chaînes alimentaires, entraînant des effets en cascade. Les amphibiens et les reptiles en subissent les conséquences, notamment des altérations au niveau de la nutrition, de la mobilité et de la reproduction. La vulnérabilité des amphibiens est accentuée par leur peau, hautement perméable à l’environnement, ce qui les expose à des concentrations significatives de contaminants, surtout dans les milieux aquatiques.

Les amphibiens sont particulièrement exposés aux polluants et produits phytosanitaires
qui ruissèlent dans les points d’eau. Ces produits impactent le développement des œufs,
larves et adultes, et mettent en péril leur survie. © Victor Dupuy

Parallèlement, l’utilisation fréquente d’engrais et de pesticides contamine les eaux et favorise le développement d’algues filamenteuses, qui perturbent l’équilibre écologique du milieu. Leur prolifération, favorisée par le changement climatique, peut asphyxier les organismes aquatiques, et quasiment stériliser les plans d’eau. Sans plantes aquatiques comme les glycéries, les tritons n’ont plus de support pour pondre et désertent l’habitat.
En ce qui concerne les produits phytopharmaceutiques, des recherches récentes indiquent que ces substances persistent pendant plusieurs décennies dans l’environnement (6). Les chaînes alimentaires sont affectées, avec des rongeurs intoxiqués devenant les proies de serpents, qui ingèrent à leur tour des molécules toxiques et les accumulent dans leur organisme. Cette bioaccumulation de toxines souligne l’ampleur des effets indirects de ces produits sur l’ensemble des écosystèmes, compromettant la survie à long terme des espèces qui en dépendent. Des substances telles que les pyréthrinoïdes, les organophosphorés, les organochlorés, le glyphosate et les carbamates ont été identifiées comme responsables de dérèglements physiologiques et endocriniens, de malformations morphologiques et de changements comportementaux chez les amphibiens. Cela souligne l’urgence de réduire notre dépendance aux pesticides et aux engrais de synthèse.

Vers une communauté ERC en Île-de-France

Outre la nécessité d’appliquer plus rigoureusement la réglementation définissant la séquence Éviter-Réduire-Compenser (ERC), l’établissement d’une communauté intégrant les acteurs régionaux impliqués dans la mise en œuvre de mesures ERC – maîtres d’ouvrage, opérateurs fonciers et de compensation, services de l’État et de la Région, élus, bureaux d’études et experts de la communauté scientifique – permettrait de répondre à plusieurs enjeux : améliorer le dialogue entre les différents acteurs, acculturer et former aux mesures efficaces, établir une stratégie de compensation répondant aux politiques publiques régionales (SRB, SRCE, SNAP)*.
* SRB : Stratégie régionale pour la biodiversité
SRCE : Schéma régional de cohérence écologique
SNAP : Stratégie nationale pour les aires protégées

1 000 mares en Île-de-France

Dans l’objectif de renforcer les zones humides et la trame verte et bleue du territoire francilien, la Région Île-de-France déploie un dispositif dédié au soutien des projets de création et de restauration de mares. Ce dispositif, destiné aux collectivités et aux associations, propose une aide financière allant jusqu’à 5 000 euros par mare pour la création, et 2 500 euros par mare pour la restauration. Les porteurs de projets sont invités à consulter le cahier des charges du dispositif, et les préconisations techniques de la Société nationale de protection de la nature (SNPN), avant de déposer leur dossier sur mesdemarches.iledefrance.fr.

Alors que l’année 2023 a été l’année la plus chaude jamais enregistrée sur Terre (7), l’élévation globale des températures, le brouillage des saisons et l’intensification des événements climatiques extrêmes deviennent des défis prégnants. La biodiversité, première victime de ces altérations environnementales, se trouve contrainte de s’adapter à des perturbations de plus en plus fréquentes. Les amphibiens et les reptiles y sont particulièrement vulnérables, en raison de leur dépendance aux conditions climatiques pour réguler leur température interne, et donc leur cycle de vie.
Les changements climatiques perturbent significativement l’hivernation de certaines espèces, les incitant à reprendre leur activité trop tôt dans l’année et les exposant à des gelées tardives, un phénomène qui peut entraîner la mortalité directe ou fragiliser la santé des individus. De plus, ces perturbations semblent provoquer un décalage dans la reprise d’activité des mâles et des femelles après l’hivernation, mettant en péril le succès reproducteur des populations.
L’augmentation de la fréquence et de l’intensité des sécheresses représente une menace majeure pour la ressource en eau et pour les amphibiens, qui en dépendent pour leur reproduction. Même si les pièces d’eau qu’ils utilisent sont souvent éphémères, les petites mares et les mouillères s’assèchent de plus en plus tôt, de plus en plus fréquemment. La sécheresse semble être l’un des principaux facteurs dégradant l’état de santé des individus et leur succès reproducteur, en particulier sous les climats tempéré et méditerranéen (8).
L’augmentation moyenne des températures a des implications à grande échelle, forçant les espèces à se déplacer ou à disparaître lorsque les conditions environnementales dépassent leur seuil de tolérance. Les modélisations prédisent des migrations potentielles pour des espèces comme le Sonneur à ventre jaune, le Lézard vivipare, ou la Vipère péliade, adaptées à des climats frais et humides. Cependant, le manque de corridors et de milieux favorables accroît les risques d’extinction régionale pour les taxons fuyant la hausse des températures.
Enfin, les impacts indirects des changements climatiques se manifestent via l’émergence de pathologies graves chez les amphibiens. La chytridiomycose, liée à un champignon, menace les populations déjà fragilisées. Les futurs scénarios climatiques indiquent que cette maladie pourrait étendre son aire d’occurrence, représentant une menace supplémentaire pour des populations déjà soumises au stress de multiples facteurs anthropiques.

Création d'habitats et restauration des continuités écologiques

La création d’habitats pour les amphibiens et les reptiles est une mesure efficace, peu onéreuse et en général couronnée de succès si des principes de base sont respectés. Majoritairement sensibles à la structuration de leurs habitats, ces espèces ne demandent pas d’ingénierie complexe, et s’accommodent de petites surfaces, à condition d’être bien connectées avec d’autres habitats favorables.
Dans le cas des amphibiens, protéger les mares existantes et en créer de nouvelles est un moyen de conservation simple et efficace. Afin de garantir la colonisation de ces nouveaux milieux, il est préférable de les intégrer à un réseau de mares préexistantes et déjà utilisées par d’autres amphibiens. Afin de garantir sa fonctionnalité, la conception de l’ouvrage doit permettre le maintien de l’eau au moins pendant une partie de l’année, et l’accès grâce à des pentes relativement douces. Une mare qui s’assèche en fin d’été n’est pas un problème. Il n’est pas nécessaire de végétaliser l’ouvrage, sauf si cet aménagement est réalisé en faveur d’une espèce spécifique. Les Rainettes vertes, par exemple, ont besoin d’une végétation haute et dense en périphérie immédiate du point d’eau. Avec le temps, la mare sera colonisée par différents stades de végétation spontanée. L’apport en poissons est à proscrire, car ils sont friands des œufs d’amphibiens. Aussi leur présence réduira drastiquement le potentiel d’accueil de l’aménagement.
Dans le cas des reptiles, les milieux d’interfaces, comme les haies et les lisières, sont favorables et faciles à mettre en place. L’élément essentiel pour leur attractivité est de favoriser plusieurs strates de végétation, qui apporteront caches et nourriture à ces espèces craintives et discrètes. Les ronces, pruneliers et aubépines, denses et pourvues d’épines, dissuadent les éventuels prédateurs et sécurisent les reptiles. Ainsi, une haie qu’un être humain est en mesure de traverser n’est généralement pas assez dense. L’exposition de l’aménagement est également importante, car la température conditionne l’activité des reptiles. Il est souhaitable qu’une partie du linéaire possède une exposition sud ou sud-est afin de garantir un ensoleillement suffisant. Pour multiplier les expositions disponibles, il est bénéfique d’éviter les lisières rectilignes au profit de tracés plus sinueux, avec éventuellement des encoches dans la végétation. En termes de gestion de ces aménagements, diversifier les hauteurs de coupe permet d’obtenir une bordure progressive qui facilite la thermorégulation – comportement d’exposition au soleil – des animaux. Créer une haie ou une lisière favorable est un processus lent, qui peut être amorcé à travers des plantations qui se densifieront avec le temps, ou se faire de manière spontanée, avec l’arrêt de la gestion d’un espace ciblé.
Malgré leur faible capacité de dispersion, les amphibiens et les reptiles sont tout de même amenés à circuler au sein de leurs habitats. Pour les amphibiens, cela correspond notamment à la migration annuelle qui leur permet de se reproduire. Au début du printemps, ils quittent leurs refuges hivernaux – boisements, haies et murets – pour se retrouver dans les points d’eau. Cela les oblige régulièrement à traverser des routes, source de mortalité importante. Afin de prévenir cet impact, deux types d’ouvrages existent : les crapaudromes et les crapauducs. Les premiers sont des dispositifs temporaires, qui consistent en la mise en place de barrières le long de la route, avec, à intervalles réguliers, des seaux permettant de recueillir les amphibiens bloqués. Chaque jour, pendant la saison de reproduction, les seaux sont relevés et les individus relâchés de l’autre côté de l’ouvrage. Pérennes, les crapauducs visent à la création de buses sous la chaussée, avec, là aussi, une barrière infranchissable obligeant les amphibiens à utiliser ces passages. Chronophage pour le premier et onéreux pour le second, ces dispositifs sont à calibrer en fonction des enjeux du site et doivent respecter certaines préconisations afin de garantir leur efficacité. Pour les reptiles, se déplacer sans le couvert d’une végétation dense revient à s’exposer aux prédateurs et, en dehors de la période de reproduction, il est très inhabituel de les rencontrer à découvert. Ainsi, les aménagements en leur faveur doivent être connectés à des linéaires déjà favorables ou en être à proximité immédiate.

Vers des politiques publiques plus efficaces

La manière la plus efficace pour protéger des espèces consiste à mieux protéger leurs habitats. Sanctuariser des espaces reste la meilleure garantie pour la pérennité de l’ensemble de leur cycle de vie, et donc de leurs populations. Dans le cas des amphibiens et des reptiles, leurs habitats sont parfois temporaires et souvent absents de la liste des habitats patrimoniaux, ce qui limite la création de zones de protection forte pour certaines espèces. Ainsi, pour l’Alyte accoucheur, une espèce quasi menacée [NT] affectionnant particulièrement les vieux lavoirs ruraux, près de 80 % des observations ont été réalisées en dehors de zones de protection. Il en est de même pour la Vipère aspic, considérée comme en danger [EN], qui est très dépendante des haies, des ronciers et des lisières, habitats généralement oubliés des politiques de conservation. À l’inverse, certaines espèces affectionnant les milieux naturels préservés sont plutôt bien intégrées dans le réseau de protection. C’est le cas du Triton marbré, principalement localisé dans les massifs de Fontainebleau et de Rambouillet, dont plus de 90 % de l’aire d’occurrence est protégée.
À une échelle plus large, le Schéma directeur de la région Île-de-France (SDRIF-E) définit, en tenant compte du Schéma régional de cohérence écologique (SRCE), les grandes orientations de l’aménagement du territoire à l’horizon 2040. Ce schéma comprend, notamment, des orientations réglementaires et des cartes opposables, qui permettent de cadrer le développement urbain. Plusieurs de ces dispositifs visent à préserver le patrimoine naturel de la région. Une armature verte à sanctuariser y est définie pour la préserver de toute nouvelle urbanisation. En articulation avec le SRCE, le SDRIF-E renforce la protection de points fragiles et précieux des continuités écologiques régionales, notamment à travers l’identification de connexions écologiques d’intérêt régional au sein des espaces ruraux et de liaisons vertes au sein des espaces urbains. Enfin, des fronts verts d’intérêt régional sont définis pour contenir l’étalement urbain et préserver ainsi les espaces agricoles et naturels situés au-delà desdits fronts. Ces dispositions réglementaires associées à l’actualisation du SRCE, datant de 2013, visent à renforcer la mise en oeuvre de la Trame verte et bleue sur l’ensemble du territoire francilien, y compris dans les espaces très urbanisés.

Le Crapaud calamite est une espèce pionnière qui affectionne les habitats temporaires et nouvellement créés. Ce crapaud est le seul amphibien francilien à pouvoir marcher, ce qui lui permet une bonne capacité de colonisation, nécessaire pour atteindre rapidement les petites pièces d’eau peu profondes dans lesquelles il se reproduit. © Gabriel Michelin

Des constats en attente de résultats

Cette nouvelle Liste rouge régionale des amphibiens et reptiles franciliens s’ajoute aux six précédentes : oiseaux, plantes vasculaires, chauves-souris, papillons de jour, libellules et orthoptéroïdes. Force est de constater que plus les connaissances sur la biodiversité s’améliorent, plus le tableau s’assombrit. La crise du vivant est une réalité en Île-de-France, et touche une multitude d’espèces, des plus ordinaires aux plus patrimoniales. Face aux défis que cela représente, il apparaît urgent de renforcer et de mettre à jour les dispositifs de protection et de restauration de la biodiversité en Île-de-France, et ce, dans tous les milieux. Dans cinq à dix ans, l’actualisation de cette Liste rouge sera l’occasion de mesurer l’efficacité des actions mises en place. Le changement de catégorie de menace des espèces sera l’indicateur qui permettra d’en suivre les effets.

Hemminki Johan, naturaliste, département Biodiversité – ARB ÎdF